GIREMI

La edición del ARN es un proceso que se basa en que las moléculas de ADN una vez transcritas a ARN sufren varias modificaciones en su secuencia. Para poder comprender el funcionamiento de este proceso y su relación con enfermedades en los humanos es necesario identificar los sitios en los que el ARN es editado. El desarrollo de distintas técnicas ha permitido avanzar en este aspecto, desarrollando una nueva herramienta informática llamada GIREMI.

 Esta  nueva herramienta informática ha sido desarrollada por la Universidad de California  Los Angeles y ayudará a los investigadores a identificar los sitios de edición del ARN. La herramienta, predice la modificación de adenosina a inosina a partir de información obtenida de la secuenciación de ARN. La idea en la que se basa el método es que mientras que dos polimorfismos genéticos mantienen el mismo haplotipo en el ARN que en el ADN genómico de referencia, en las lecturas obtenidas del ARN la relación entre un polimorfismo y un sitio de edición del ARN no se mantiene, debido a que la edición del ARN ocurre después de su síntesis. “Podemos predecir los sitios de edición del ARN y los SNPs sin tener que secuenciar el genoma completo,” indica Xinshu Xiao, director del trabajo. “Ahora no tenemos que gastar miles de dólares secuenciando el ADN; se puede secuenciar únicamente el ARN. Nuestro método será fácilmente aplicable a todos los conjuntos de datos de ARN y ayudará a identificar SNPs y mutaciones a mucho menor coste de los métodos actuales.”
 Los resultados iniciales del equipo, apuntan a la existencia de sitios de edición específicos de tejidos ,así  como patrones evolutivos en las poblaciones humanas.
  “El método puede ser fácilmente aplicado a cualquier conjunto de datos de secuenciación de ARN para descubrir nuevos sitios de edición específicos a una enfermedad.”

Fuente utilizada:
 http://revistageneticamedica.com/2015/03/08/giremi-una-herramienta-para-identificar-sitios-de-edicion-del-arn/